Friday, June 16, 2017

"Khoe" nghiên cứu mới về kháng sinh và VOS

Thỉnh thoảng có dịp "khoe" hai nghiên cứu mới của đồng nghiệp trong nước. Cả hai bài báo này đều là sản phẩm "made in Vietnam" (1). Bài thứ nhất là về tình trạng kháng sinh ở bệnh nhân nằm ICU. Bài thứ hai là một loại "foundation paper" về công trình nghiên cứu Vietnam Osteoporosis Study (VOS).



Kháng thuốc trong ICU

Nhiều khi ý tưởng phát sinh trên ... bàn tiệc :-) và công trình này cũng không phải là một ngoại lệ. Tình trạng kháng sinh ở Việt Nam thì quá phổ biến, trở thành một mối đe dọa đến toàn xã hội, toàn dân số. Đã có nhiều nghiên cứu rất tốt, chủ yếu là từ nhóm OCRU, về tình trạng kháng sinh ở cộng đồng và vài bệnh truyền nhiễm. Họ thường tập trung vào một bacteria cụ thể, ít khi nào làm hàng loạt. Ngoài ra, ở bệnh nhân ICU thì là một mảng còn bỏ trống, mà những bệnh nhân này rất nguy hiểm (dễ chết). Do đó, vài năm trước, trong một dịp "nhậu nhẹt", Bs Trần Minh Giang, vài bạn khác, và tôi nghĩ đến nghiên cứu về kháng sinh ở bệnh nhân ICU. Lợi thế là Bs Giang dân ICU, nên triển khai cũng khá dễ dàng -- ít ra là nghĩ như vậy.

Vấn đề là ý tưởng, là phải làm cái gì khác, đầy đủ hơn, xa hơn so với các nghiên cứu trước. Thế là công trình được thai nghén, với ba mục tiêu chính. Mục tiêu 1 là xác định qui mô kháng thuốc cho từng loại thuốc và cho tất cả các bacteria. Mục tiêu thứ hai là phân tích MIC cho tất cả bệnh nhân. Mục tiêu 3 là quan trọng nhất là dùng công nghệ sequencing để phân tích tất các loài bacteria. Do đó, sinh phẩm phải được thu thập cẩn thận để dùng cho nhiều phân tích, kể cả phân tích gen. Vì dự án khá qui mô và dùng khá nhiều kĩ năng bioinformatics, nên phải triền khai khá lâu.

Tuy nhiên, mục tiêu 1 được giải quyết trước, vì nó đơn giản và chỉ dùng phương pháp kinh điển là culture (cấy). Thu thập dữ liệu thì không quá lâu, nhưng để hoàn chỉnh cho phân tích thì tốn rất nhiều thời gian, tiền bạc và công sức của nhiều người. Vì là lần đầu tiên viết bài báo, nên dù đã có kết quả khá lâu, mà cũng phải "ì ạch" cả sáu tháng trời mới xong bản thảo "xem được" để gửi đi. Cũng may, do chọn tập san hợp lí và vừa phải, nên mọi chuyện tương đối "thuận buồm xuôi gió".

Chuyên gia bình duyệt khen viết hay, và có vẻ rất "ấn tượng" với cái biểu đồ network về kháng sinh (thậm chí còn xin tham khảo). Có chuyên gia chê đánh vần sai nhiều quá, vì tên vi trùng và thuốc lẫn lộn giữa tiếng Anh và tiếng Pháp! (Hậu quả của hai nền giáo dục). Nhưng một chuyên gia khác yêu cầu là phải làm thêm 16S-rRNA sequencing thì mới tin được. Chuyên gia này điểm trúng huyệt và cũng là cái yếu của bài báo. Thật ra, là đang làm, nhưng nếu mình nói "Chúng tôi đang làm, chưa xong" thì chắc chắn chuyên gia này sẽ nói "OK, vậy về làm cho xong đi rồi nộp sau". Thành ra, phải nói cách khác để họ thông cảm (như chưa có tiền và cũng không có khả năng làm). Cuối cùng thì họ cũng gật đầu cho qua, và thư chính thức chấp nhận cho công bố trên BMC Infectious Diseases mới nhận vào tuần trước. Đây cũng là tập san mà chúng tôi từng công bố bài về vitamin D và tuberculosis, được khá nhiều trích dẫn.

Kết quả trong bài số 1 này cho thấy tình trạng kháng thuốc rất phổ biến trong bệnh nhân nằm ICU. Tính chung, có đến 93% bệnh nhân kháng thuốc (antimicrobial resistance to any drug). Điều đáng ngại là tình trạng MDR (kháng 2 thuốc trở lên) là 87%! Nhìn kết quả này dân Tây chắc kinh ngạc. Hầu hết các loại thuốc đều kháng, nhưng chủ yếu là ceftriaxone (88%), ceftazidime (80%), ciprofloxacin (77%), cefepime (75%), levofloxacin (72%). Chỉ có colistin là chưa kháng (thật ra là có nhưng chỉ 1 ca). Nghiên cứu còn phát hiện nhiều bacteria, nhưng chủ yếu là Acinetobacter, Kebshiella, và Pseudomonas aeruginosa. Riêng "anh chàng" Acinetobacter baumannii gần như chẳng sợ thuốc nào, vì anh ấy kháng gần như tất cả các thuốc! Kinh khủng.

Thật ra, tình trạng kháng thuốc thì ai cũng biết là nặng nề ở Việt Nam, nhưng biết mà không ai chịu làm nghiên cứu cho có bài bản. Do đó, trong y văn rất thiếu dữ liệu về kháng thuốc, đặc biệt là ở bệnh nhân ICU. Có thể nói rằng bài báo này là một trong số những bài rất hiếm trong ngành ICU ở Việt Nam. Nhưng hi vọng qua đó mà các bạn làm ICU thấy rằng có thể làm nghiên cứu bài bản và công bố trên các tập san quốc tế có uy tín.


Biểu đồ kháng thuốc cho Acinetobater.


Vietnam Osteoporosis Study (VOS)

Bài thứ hai là một bài mang tính "cơ sở" cho công trình VOS. Thật ra thì VOS đã công bố (khi còn nghiên cứu) hai bài trước đây trên các tập san thuộc hàng danh giá nhất trong chuyên ngành là Bone và Diabetes Care. Đến tháng 12 năm ngoái thì VOS xong giai đoạn I, nhưng phải tốn khá nhiều thời gian để hoàn tất các cơ sở dữ liệu. Thông thường, khi một chương trình nghiên cứu qui mô lớn được thực hiện, PI thường viết một bài báo gọi là "design paper" kèm theo vài kết quả mô tả để báo cho thế giới biết là "We have done it". Do đó, bài báo này có mục tiêu đơn giản là mô tả thiết kế nghiên cứu, đo lường, qui mô dữ liệu thu thập, và những kết quả mô tả. Bài này cũng mới được chấp nhận cho công bố trên tập san Osteoporosis & Sarcopenia (viết tắt là OS).

Đây là một bài cơ sở, và tất cả các bài sau này đều phải đề cập đến bài này, và do đó, nó sẽ được trích dẫn kha khá. Đây là một trong những công trình nghiên cứu lớn nhất và đầy đủ nhất về loãng xương trên thế giới. Nghiên cứu có 4157 người (từ 817 gia đình) tham gia. Tuổi trung bình là 51. Vài kết quả ban đầu ở nữ giới trên 30 tuổi cũng hay hay: 3% có BMI≥30 nhưng 21% quá cân; 11% bị tiểu đường; 14% loãng xương; 35% bị thoái hóa khớp. Nói chung là tình hình các bệnh mãn tính ở Việt Nam ngày càng gần với các nước đã phát triển.

"Điểm nhấn" của công trình này là các thông tin về xương đo bằng máy pQCT (Stratec của Đức). Đây là những dữ liệu đầu tiên về cấu trúc xương ở người Việt Nam, và cũng là dữ liệu qui mô nhất ở Á châu. Chưa có nước nào ở Á châu đo pQCT được hơn 2000 người như VOS. Cho đến nay, chỉ có ĐH Tôn Đức Thắng có máy pQCT để đo cấu trúc xương. Ở đây, cũng phải ghi nhận công lao của ông Đinh La Thăng đã giải cứu được cái máy này khỏi hải quan Tân Sơn Nhứt để chúng tôi có một phương tiện nghiên cứu quan trọng. Nếu được giải cứu sớm hơn, thì chúng tôi đã đo được hơn 3000 cá nhân. Nhưng dù sao thì đây cũng là "dữ liệu độc" và sẽ làm chất liệu cho nhiều luận án, bài báo sau này.

Công trình VOS thu thập rất nhiều data. Tất tần tật, từ lối sống, dinh dưỡng, tiền sử lâm sàng, tiền sử dùng thuốc, v.v. đều được thu thập qua bộ câu hỏi gần 20 trang! Ngoài ra, những dữ liệu "sophisticated" về xương, sinh hóa, sức cơ, X-ray, pQCT đều được thu thập gần như đầy đủ 100%. Có cả dữ liệu về vôi hóa động mạch (aortic calcification) nữa. Khi chúng tôi trình bày trong Hội nghị ASBMR năm ngoái ở Atlanta, có người thốt lên rằng "This is a gold mine" (đây là một mỏ vàng).

Nhưng để khai thác mỏ vàng này thì cần phải có những người có khả năng đặt câu hỏi và làm phân tích. Nếu các bạn có ý tưởng, chỉ cần viết ra 1-2 trang giấy về ý tưởng, cách làm, dữ liệu cần thiết, chúng tôi sẽ cung cấp dữ liệu để các bạn làm. Vấn đề tác giả và affiliation sẽ bàn sau.

Một trong những mục tiêu của VOS là sẽ làm whole genome sequencing (WGS), tức giải mã toàn bộ genome, cho 200 người Việt. Nhưng rất tiếc là cho đến nay chúng tôi vẫn chưa xin được tài trợ (khoảng 300,000 USD) để làm cái việc hết sức căn bản và quan trọng này. Các nhà quản lí khoa học ở VN có lẽ chưa nhìn thấy tầm quan trọng của WGS nên họ rất dửng dưng. Nhiều người đề nghị xin tài trợ từ ngoài Bộ, nhưng tôi không tin là họ sẽ cấp tài trợ cho miền Nam nên không bao giờ đệ đơn. Tôi đang thương lượng với Viện Broad bên Mĩ để làm WGS, nhưng chưa biết họ sẽ quyết định ra sao. Phải chờ thôi.

Nhưng ngoài WGS, chúng tôi còn có tham vọng làm "exposome" nữa. Với công nghệ ngày nay, chúng ta có thể phân tích hàng trăm marker về phơi nhiễm môi trường, với cái giá dưới 100 USD cho mỗi cá nhân. Với dữ liệu về exposome chúng ta có thể phân tích mối liên quan giữa ô nhiễm môi trường và các bệnh mãn tính trong VOS. Nhưng để làm exposome, chúng tôi cần khoảng 200,000 USD. Lại phải xin tài trợ. Hi vọng rằng với tình trạng ô nhiễm môi trường hiện nay ở Sài Gòn, sẽ có sở nào đó thương tình tài trợ tiền để chúng tôi xây dựng một cơ sở dữ liệu exposome cho người Việt Nam.

Hai bài báo mới nhất này, cùng những bài trước đó, cũng là một minh chứng cho tiềm năng và tính khả thi trong nghiên cứu khoa học ở Việt Nam. Việt Nam đang trong quá trình phát triển, nên đặt ra rất nhiều vấn đề cho nghiên cứu khoa học, và đây là cơ hội tốt để đóng góp cho y văn quốc tế. Vấn đề là phải nhận ra câu hỏi nghiên cứu, rèn luyện kĩ năng nghiên cứu, và nhất là cách viết bài báo khoa học (1). Chúc mừng Bs Giang và Bs Lan!

===

(1) Cũng xin nhân đây quảng cáo luôn là tôi sẽ giảng trong một lớp học 4 ngày về cách viết bài báo khoa học ở Bịnh viện Chợ Rẩy (không phải "Bệnh viện Chợ Rẫy" nhé -- tôi mới biết) từ ngày 31/7 đến 3/8 tới đây. 


Bài báo 1:
https://bmcinfectdis.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12879-017-2529-z
Patterns of Antimicrobial Resistance in Intensive Care Unit Patients: a Study in Vietnam. Giang M. Tran, Thao P. Ho-Le, Duc T. Ha, Chau H. Tran-Nguyen, Tuyet S.M. Nguyen, Thao T.N. Pham, Tuyet A. Nguyen, Dung A. Nguyen, Hoa Q. Hoang1, Ngoc V. Tran4, and Tuan V. Nguyen.

Bài báo 2:
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2405525517300365
The Vietnam Osteoporosis Study: Rationale and design Lan T. Ho-Pham, Tuan V. Nguyen, and study team: Dr. Mai Duy Linh, Dr. Doan Cong Minh, Dr. Nguyen Da Thao Uyen, Dr. Lai Quoc Thai, Dr. Do Minh Tam, Dr. Do Thien An, Dr. Nguyen Cong Hoang, Dr. Chau Ngoc Minh Phuong, Dr. Nguyen Trung Thanh, Dr. Bui Dat Thinh, Dr. Nguyen Quynh Thu, Mr. Sam Vinh Loc, Dr. Bui Van Quoc, Dr. Nguyen Thi Dao Tien, Mr. Tran Xuan Truong, Ms. Thai Ngoc Tran, Ms Le Thi Phuong Thao, Mr. Nguyen Van Ngan, Ms. Nguyen Duong Thien Thanh, Mr. Nguyen Truong Trung Tin, Mr. Nguyen Tan Duc, Mr. Van Hai Long, Ms. Nguyen Le Phuong Hong, Ms Nguyen Thi Ngoc Yen, Ms. Nguyen Thi Thuy, Ms. Nguyen Duong Thao Quyen, Mr. Luu Minh Long, Mr. Do Tuan Kiet, Mr. Nguyen Tam Xuan Kiet, Ms. Nguyen Ngoc Nha Khanh, Mr. Vo Quang Hung, Mr. Duong Hai, Mr. Chau Quoc Khanh, Mr, Le Vinh Nghi, Ms Van Thi Ngoc Bich, Ms Tran Thi Nhung.


2 comments:

Đạt Trần said...

Em xin chúc mừng thầy và các anh chị đã đóng góp những bài báo có gía trị khoa học cao như thế này. Mong chờ để được đọc bài full text.

Thanh Truong said...

Kỹ thuật cao của Germany thiệt là hết ý !